Obwohl in den Jahrzehnten nach 1945 vorwiegend die Diaprojektion in der Lehre genutzt wurde, ergänzte man die Bestände der Fotosammlung des Kunsthistorischen Instituts Bonn (KHI) bis in die 1980er Jahre um rund 27.000 Fotografien. Verschiedene Medien wie Gipsabgüsse, Diapositive und Fotografien dienten für der Veranschaulichung von Kunstwerken und wurden aufgrund ihrer jeweiligen Vorteile weiterhin eingesetzt. Die Fotoabzüge traten in der Lehre zwar weiter in den Hintergrund, fanden aber als Vorlagen für Reproduktionen weiterhin Verwendung.

Neben dem Medienwandel veränderten sich nach dem Zweiten Weltkrieg auch die Inhalte des Lehrangebots: Während heute moderne und auch zeitgenössische Kunst selbstverständlich in der Kunstgeschichte thematisiert werden, war dies bis in die 1970er Jahre eine Seltenheit. In Bonn brachten die Professoren Heinrich Lützeler (1902–1988) und insbesondere Eduard Trier (1920–2009) die moderne Kunst in die Lehre ein.

Diese thematische Veränderung wurde durch die dichte und vor allem auf moderne Kunst ausgerichtete Museumslandschaft des Rheinlandes als lokale Gegebenheit beeinflusst. Aber auch Anderes wie die Studentenbewegung 1968 und die Ost-West-Spannungen, die sich auch auf die Kulturpolitik auswirkten, prägten die Wissenschaftsgeschichte nachhaltig. Die Auswirkungen finden sich – sozusagen als Abbilder – in den neueren Beständen der Fotosammlung.

1946 wurde das Ordinariat – zuvor vom überzeugten Nationalsozialisten Alfred Stange (1894-1968) besetzt – neu an Heinrich Lützeler (1902–1988) vergeben. Lützeler hatte in den 1920er Jahren in Bonn und Köln Kunstgeschichte und Philosophie studiert und war 1930, nach seiner Promotion bei Paul Clemen (1866-1947), Privatdozent für Philosophie. Er trat zwar 1933 dem NS-Lehrerbund bei, wurde jedoch nach einer Kritikäußerung gegenüber Alfred Rosenberg diffamiert. Trotz mehrerer Empfehlungsschreiben von Clemen wurde ihm 1940 die Lehrberechtigung (Venia Legendi) entzogen. Unmittelbar nach Kriegsende beantragte er seine Rehabilitierung und beteiligte sich am Wiederaufbau der Universität in der Bau- und Grundstückskommission, deren Vorsitzender er 1954 wurde. Lützeler prägte nicht nur die neue Raumsituation des KHI maßgeblich, sondern gründete auch das Seminar für orientalische Kunstgeschichte. Nach seiner Emeritierung übernahm Eduard Trier im Jahr 1972 den Lehrstuhl.

1947 wurde ein zweiter Lehrstuhl für Kunstgeschichte eingerichtet, auf den Herbert von Einem (1905–1983) berufen wurde. Von Einem hatte sich 1935 in Halle habilitiert. Obwohl ab 1939 zeitweise im Kriegsdienst, erhielt er Lehraufträge in Göttingen (1941–42) sowie Greifswald (1943–45). Obwohl er sich freiwillig zum Kriegsdienst meldete, belegen die Briefwechsel mit seiner Frau und seinem Schwiegervater von seiner kritischen Haltung gegenüber der NSDAP und seiner Ablehnung des Antisemitismus. Nach seiner Entlassung 1945 wirkte er zunächst als Professor in Hamburg und Frankfurt, bis er dem Ruf nach Bonn auf den gleichberechtigten zweiten Lehrstuhl folgte. Während Lützeler sich vor allem lokal engagierte, half von Einem im Verband Deutscher Kunsthistoriker der internationalen Integrationsarbeit. Seine Nachfolge trat 1970 Günter Bandmann (1917–1975) an, der seit 1943 Assistent am KHI gewesen war.

Die Neubesetzung der beiden Lehrstühle in den 1970er Jahren führte zu einer klaren thematischen Profilbildung: die zeitgenössische Orientierung bei Trier und der Schwerpunkt Mittelalter bei Bandmann.

Eduard Trier (1920–2009) wurde 1946 aus amerikanischer Kriegsgefangenschaft entlassen und wohnte in der unmittelbaren Nachkriegszeit bei seinem Bruder, dem informellen Maler Hann Trier (1915-1999). Er begann sein Studium der Kunstgeschichte in Köln. Durch seine Arbeit im Museum Schnütgen lernte er vor allem die mittelalterliche Kunst kennen. Zeitgleich vermittelten Hermann Schnitzler (1905–1976) sowie die verschiedenen Initiativen im Rheinland den Kontakt zur zeitgenössischen Kunst und prägten sein Interesse als junger Kunstjournalist. Nach Abschluss seiner Promotion verfolgte er daher zunächst keine wissenschaftliche (Hochschul-)Karriere, sondern widmete zeitgenössischen Künstlern Publikationen. Aufgrund seines konsequenten Eintretens für junge Künstler:innen bei großen Ausstellungen, wie der documenta und der Biennale in Venedig, wurde er 1964 zum Professor an der Staatlichen Kunstakademie in Düsseldorf berufen, deren Direktor er von 1965 bis 1972 war. Als Nachfolger Lützelers folgte er 1972 dem Ruf an den Lehrstuhl für Kunstgeschichte in Bonn, den er bis 1985 als Direktor des Instituts innehatte.

Mit der Berufung Eduard Triers wurde das Lehrangebot des KHI deutlich ergänzt: Trier bot nahezu ausschließlich Veranstaltungen zu moderner und zeitgenössischer Kunst, Forschung und Ausstellungen an. Aufgrund seiner Erfahrungen als Kunstkritiker und Lehrer an der Kunstakademie war er eng in die Netzwerke der zeitgenössischen Kunstszene nach 1945 eingebunden. Er pflegte persönliche Kontakte und Freundschaften mit zahlreichen Künstler:innen, wie neben Atelier- und Künstlerbesuchen für Studierende auch die Künstlerwidmungen in der zu seinen Ehren erschienen „Festschrift zum sechzigsten Geburtstag“ zeigen. Generell lagen ihm die klassischen kunsthistorischen Methoden wie die Stilkritik eher fern. Er legte vielmehr Wert auf größtmöglichen Kontakt zum Original und auch zu Künstler:innen. Trier respektierte die traditionsreichen Sammlungen des Instituts und sorgte durch seine weitreichenden Kontakte für deren Erweiterung.